Красавица Май Токиха и её болезненный младший брат Такуми получают приглашение на учёбу в престижную частную школу Фука, причём администрация школы выделяет им стипендию, что очень существенно для небогатой семьи, утратившей мать ещё в раннем возрасте. Плывя на пароме к месту учёбы, Май участвует в спасении едва не утонувшей странной девушки Макото, извлечённой из воды с огромным чёрным мечом. Однако это чуть не стоило жизни ей самой — на судно с целью убить Макото проникает другая странная девушка Нацуки, и в их завязавшемся поединке, в котором обе используют мощные магические силы, паром начинает разваливаться на части. Пытаясь защитить Макото от Нацуки, Май внезапно открывает в себе HiME-способности — столь сильные, что Нацуки приходится ретироваться. Так происходит знакомство Май Токиха с двумя другими девушками-HiME, вместе с которыми ей предстоит защитить учеников Фука от Сирот, таинственных монстров, угрожающих школе. Однако после сокрушительной победы над Сиротами оказалось что приключения только начинаются!

Прошло три года со времени действия Seikai no Monshou. Начавшаяся война между Человеческой Империей Ав и Объединённым Человечеством набирает обороты. Лафир получает под своё командование «атакующий корабль», Джинто устраивается на тот же корабль интендантом.